2番線がJRのりば。かつては1番線にもホームがあった。

元々は明治時代の［紀和鉄道（→関西鉄道）］が和歌山市まで開通させ、これを国有化して和歌山線とした。後に国鉄和歌山線が直接国鉄和歌山駅に乗り入れ、和歌山⇔和歌山市は紀勢本線の所属となったのである。

駅構内は南海電鉄なので、JR線と言えども南海タイプ。

かつて国鉄（JR）乗車券は南海の自動券売機・きっぷ売り場で購入が可能であったが2017年に改札分離が行われ、JRの自動券売機を設置した（2017年までは2番線内に乗り継ぎ用の自動券売機があった）。