1998年2月15日のダイヤ改正で運行を開始した阪神梅田 - 山陽姫路間の直通特急において、阪神の使用車両はロングシート車の8000系、・9000系を充当していた。同じ直通特急で運用する山陽電鉄の5000系・5030系や競合するJR西日本の新快速、快速で運用の221系や223系はクロスシート車であることから、サービス面での低下は否めなかった。

阪神が直通特急運行開始時にロングシート車を投入したのは、阪神本線内の朝ラッシュ時の輸送に配慮したことと、3011形が輸送需要の増加に対応できずにロングシートに改造されたため、クロスシート車の導入に慎重になっていた経緯がある。しかし、直通特急運転開始後、懸念されていた山陽のクロスシート車による輸送上の混乱はなく、逆に利用者に対して短期間のうちにクロスシートサービスが定着していったことから、阪神においても2001年3月のダイヤ改正による直通特急の増発で必要となる増備車にクロスシート車を導入することとした。

直通特急のサービスレベル向上と、老朽化が進んでいた3000系の置き換えのため、クロスシートを導入した急行系車両として登場したのが9300系である。1954年の3011形以来47年ぶりのクロスシート車両で、先に登場した5500系と同様、従来の急行系車両と大きく印象を変えた塗装で登場した。

なお、武庫川車両工業は2002年をもって解散したため、9300系が阪神最後の武庫川車両製の形式となった