2002年、武蔵野線と京葉線に大きな動きがありました。
205系の大量転属が始まったのです。
まず総武線で走っていた3編成が転属。
ミツ14編成が京葉電車区に転属し、ケヨ21編成に。
ミツ15編成と16編成が、中間2両が南部支線に、残った8両が武蔵野線（豊田電車区）に来て、
E39（後にM1）編成とE40（後のM2）編成としてデビューしました。
武蔵野線の転属に際して、八丁堀～潮見間にある長い勾配を
少ない電動車で乗り越えるために、
電動車をVVVFインバーターに改装し、5000番台として登場しました。
2003年以降は山手線で使われた編成も登場し、ここから編成が増えてきます。
武蔵野線に転属してきた5000番台は大きく分けると3つに分かれます。
１つが総武線からの転属であるオール大窓編成
該当するのが、M1・2編成。
２つめが全車が山手線からの転属であるオール小窓編成
M3・4・6・7・9・10・12・14・18・19・21・22・24・25・27・28・30・31・33
と計19編成と5000番台では最大勢力でした。
3つ目が中間の2両が、埼京線からの転属車両で構成されたもの。
山手線で使われた6ドア車が埼京線に転属し、引き換えに大窓車両2両が武蔵野線に来たもの、
４・５号車のみが大窓でそれ以外が小窓なのが特徴でした。
M5・8・11・13・15・17・20・23・26・29・34
の計11本が在籍、
因みに最後まで武蔵野線に残った205系のM17とM20もこのタイプでした。
なおM15編成は当初はナハ45編成として南武線で走ってた編成でしたが、
先頭車化改造した205系と置き換えられ離脱、その後中間に大窓2両を組み込んで、
5000番台化改造をしたうえで、武蔵野線に再転属という歴史を歩んでいます。
そしてM32とM35が変わり者なのですが、それは次回・・・
因みに京葉線にも、ケヨ22・23・24・25・26・27と計7本が転属。
特に24～27は量産先行車で、田んぼの田の字窓が特徴でした。