JR九州は7月7日22時時点でまとめた、大雨に伴う7月8日の運転計画を次の通り発表した。
●九州新幹線
博多～熊本 通常通り運転
熊本～鹿児島中央 本数を減らして運転（運転開始時刻は未定）
●特急・観光列車
かもめ 博多～佐賀・長崎 始発から運休
みどり 博多～佐世保 通常通り運転
ハウステンボス 博多～ハウステンボス 終日運休
有明 大牟田～博多 終日運休
ゆふいんの森・ゆふ 博多～由布院・別府 終日運休
かわせみ やませみ 熊本～人吉 終日運休
九州横断特急 阿蘇～大分・別府 終日運休
いさぶろう・しんぺい 熊本～人吉・吉松 終日運休
きりしま 宮崎～鹿児島中央 終日運休
指宿のたまて箱 鹿児島中央～指宿 指宿のたまて箱1・2号運休
●快速・普通列車（★は大きな被害の発生が確認されている区間を含む）
鹿児島本線 久留米～長洲 始発から運転見合わせ
★鹿児島本線 川内～鹿児島中央 当分のあいだ、運転見合わせ
鹿児島本線 鹿児島中央～鹿児島 始発から本数を減らして運転
筑豊本線（原田線） 原田～桂川 始発から運転見合わせ
筑肥線 山本～伊万里 始発から運転見合わせ
唐津線 久保田～唐津 始発から運転見合わせ
日田彦山線 田川後藤寺～添田 始発から運転見合わせ
後藤寺線 田川後藤寺～新飯塚（全区間） 始発から運転見合わせ
豊肥本線 阿蘇～豊後荻 始発から運転見合わせ
久大本線 久留米～日田 始発から運転見合わせ
久大本線 日田～～豊後森 始発から終日運転見合わせ
★久大本線 豊後森～由布院 当分のあいだ、運転見合わせ
久大本線 由布院～庄内 始発から終日運転見合わせ
長崎本線 肥前鹿島～諫早 始発から運転見合わせ
長崎本線（新線） 諫早～長崎 始発から本数を減らして運転
長崎本線（旧線） 喜々津～浦上 始発から終日運転見合わせ
大村線 早岐～諫早（全区間） 始発から終日運転見合わせ
日豊本線 南宮崎～国分 始発から運転見合わせ
日豊本線 国分～鹿児島 始発から本数を減らして運転
★肥薩線 八代～吉松 当分のあいだ、運転見合わせ
肥薩線 吉松～隼人 始発から運転見合わせ
吉都線 吉松～都城（全区間） 始発から運転見合わせ
日南線 南宮崎～南郷 始発から運転見合わせ
★日南線 南郷～志布志 当分のあいだ、運転見合わせ
●その他
日田彦山線の代行バスも始発から運転を見合わせる可能性あり
気象状況などによっては、これ以外にも列車の運休や遅れが発生する場合もある
JR九州によると、すでに確認されている肥薩線と久大本線の橋りょう流出などの被害のほか、鹿児島本線の川内～鹿児島中央間でも複数の場所で土砂の流入・流出の発生が確認された。日南線でも南郷～志布志間の複数の場所で土砂の流入が発生しているという。