名鉄の小牧駅は、1989（平成元）年に地下へ移設されました。犬山方面行きの1番線が単式ホーム、平安通方面行きの2・3番線が島式ホームに面した2面3線の構造であり、2番線は両方向への出発に対応しています。また、犬山側に設けられた引上げ線は2・3番線につながっていますが、1番線からは出入りができません。
地下駅としては比較的広い設備を擁していますが、引上げ線を有効活用するのが構造上難しく、合理的な配線とは言えません。運行上は折り返し列車を2番線に据え付けて処理するのが簡単ですが、その場合は2番線の小牧止まりの列車から1番線の犬山行きの列車に乗り換えるのに上下移動が必要になります。
全列車が各駅停車である現状では支障はありませんが、小牧―平安通間ノンストップの急行を設定するには足かせとなります。神戸高速鉄道東西線の新開地駅のように、2面の島式ホームが中線を挟み込む構造にしておけば、こんな問題は生じなかったのです。
どうも全般的に見て、名鉄は駅構内の配線が上手いとは言えません。例えば『鉄道ピクトリアル』2006年1月臨時増刊号に記載されている、名古屋本線と三河線が交差する知立の高架化完成後の配線予定図を見ても、「改悪」後の東武鉄道北千住に酷似しています。豊橋や名古屋のように、制約の大きいほうが力を発揮できるのが名鉄の社風なのかもしれません。
また、これは名鉄側の問題ではありませんが、小牧線の犬山―味鋺間の保安装置がATSなのに対し、第三セクターの「上飯田連絡線」が所有する味鋺―平安通間ではATCが採用されたので、車両が高価になっており、かつ味鋺で保安装置の切り替え作業が必要です。
加えて、当初は運営上の境界である上飯田で運転士が交代し、平安通までの1駅間のみは名古屋市交通局の職員が乗務していましたが、これは2007（平成19）年に名鉄へ業務委託することで解消されました。
利用客の動向から考えて、優等列車を設定する場合に味鋺や上飯田に停める必要はありません。しかし運転上は、上飯田の通過に支障はないものの、味鋺では保安装置の切り替えのために恐らくは10秒程度の運転停車が避けられないと考えられます。
ちなみに、味鋺―上飯田間にはかつて存在した瀬古駅を復活させる構想があり、地下のシールドトンネルもそれを見越した構造になっているようですが、ダイヤ設定の邪魔になるので不要です。
地下鉄上飯田線には平安通からさらに南下して都心方面への延伸を行う計画があり、ATCの導入もこれを見越してのことだったのでしょう。そのことを裏付けるように、上飯田の犬山側には引上げ線が設けられています。都心内の区間列車を折り返すには有効な設備ですが、現状ではATCともども無用の長物と化しています。
名古屋市はその後、2011（平成23）年の桜通線の徳重延伸をもって地下鉄の新規建設を打ち止めとする方針を表明しています。味鋺―平安通間のたった3.1kmのためにATCを採用し、上飯田に引上げ線を設けたのは当初の見通しが甘かったと言わざるを得ません。
話を小牧駅に戻すと、急行を設定した場合、当駅止まりの各駅停車からの乗継には上下移動が避けられませんが、エスカレーターとエレベーターは完備されているので、利用客に甘受してもらうしか仕方がありません。この教訓を今後の配線計画に生かしてもらいたいところです。
また、単線区間の五郎丸信号場と田県神社前で交換が行われる関係上、小牧駅南側すぐの複線区間で上下列車がすれ違うことになるので、当駅折り返し列車を引上げ線に出し入れするのはダイヤ上困難です。これは、10分サイクル化が実現した場合も変わりません。
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